A idéia da criação do Fundo Passiflora teve a sua origem em 1.989 através da ASTN (Associação das Indústrias Processadoras de Frutos Tropicais), entretanto esta iniciativa surge em função dos resultados obtidos pelo "Projeto de Apoio a Competitividade Global da Cultura do Maracujazeiro da Região de Vera Cruz/SP", implantado pela parceria inédita entre o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq, através de seu Programa de Apoio à Competitividade da Agricultura Brasileira para Exportação - BIOEx; Associação dos Fruticultores da Região de Vera Cruz - AFRUVEC; Secretaria Estadual da Agricultura; Escola Técnica Agrícola Estadual "Paulo Guerreiro Franco"; Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiróz" - ESALQ/USP; Instituto Agronômico de Campinas - IAC; Instituto Biológico -IB e Instituto de Tecnologia de Alimentos - ITAL. O projeto reuniu mais de 25 profissionais especialistas nas diversas áreas da cadeia produtiva do maracujazeiro.

Esta parceria se constituiu no primeiro projeto multidisciplinar voltado para respostas práticas aos problemas da cultura do maracujazeiro. Tendo em vista os limites do projeto e sabendo-se que as necessidades de pesquisa para a cultura não se satisfazem com poucos anos de dedicação, a criação do Fundo Passiflora é uma iniciativa que busca ampliar este trabalho para as demais regiões brasileiras e garantir a continuidade do processo de desenvolvimento do agronegócio do maracujá no Brasil.

Esta iniciativa parte do princípio da co-responsabilidade dos diversos segmentos do agronegócio do maracujá para o fortalecimento do setor. O Fundo Passiflora coloca como parceiros as indústrias, associações, cooperativas, atacadistas, varejistas e órgãos oficiais ligados à agricultura. Esta idéia origina-se nos exemplos de outros setores da agropecuária que optaram pela criação de fundos privados para a pesquisa, defesa sanitária, bem como a divulgação dos seus produtos objetivando alavancagem de consumo no mercado interno e externo, a exemplo do FUNDECITRUS cujos recursos são oriundos e gerenciados pelos parceiros.